Al final de cada nivel, el jugador gana experie. El jugador puede ganar experiencia al matar enemigos y eventualmente desbloquear ninjutsu más avanzado. Al pasar por los niveles, el jugador recolectará los diversos ingredientes con los que puede fabricar armas: shurikens, venenos, elixires, granadas, minas, así como el arma principal, Katana, Ninjato y Kusarigama. Pixel Shinobi es un juego del género de sigilo y plataformas con elementos de RPG, en el que el jugador juega como Shinobi (Ninja).
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