בסוף כל רמה השחקן ניגש. השחקן יכול לצבור ניסיון בעת הרג אויבים ובסופו של דבר להיות מסוגל לפתוח נינג'יטסו מתקדם יותר. מעבר לרמות השחקן יאסוף את המרכיבים השונים שבהם הוא יכול ליצור כלי נשק: שוריקנים, רעלים, סמים, רימונים, מוקשים, כמו גם הנשק העיקרי הקטאנה, הנינג'אטו וקוסאריגמה. Pixel Shinobi הוא משחק בז'אנר של התגנבות ופלטפורמה עם אלמנטים של RPG, שבו השחקן משחק בתור Shinobi (נינג'ה).
מידע מפורט...